La Comisión de la Verdad y Reconciliación, a lo largo de su mandato, ha suscrito los siguientes convenios (en orden alfabético):

Convenio con APRODEH
Convenio con el CAAAP
Convenio con el CEAS
Convenio con el Centro de Atención Psicosocial de la CNDDHH
Convenio con el Centro de Promoción y Desarrollo Poblacional -CEPRODEP
Convenio con el CIPA
Convenio con COMISEDH
Convenio con la Comisión Andina de Juristas
Convenio con el Concilio Nacional Evangélico del Perú
Convenio con el Consejo de la Prensa Peruana
Convenio con el Consorcio de Universidades
Convenio con la Coordinadora Nacional de Derechos Humanos
Convenio la con Defensoría del Pueblo
Convenio con Edhucasalud
Convenio con el Instituto Bartolomé de las Casas
Convenio con el Instituto Nacional de Radio y Televisión del Perú
Convenio con IDS y TV Cultura
Convenio con MENADES
Convenio con la Mesa de Salud Mental
Convenio con el Ministerio de Educación
Convenio con el Ministerio del Interior
Convenio de Cooperación con el Ministerio Público
Convenio de Cooperación con la Procuraduría Ad Hoc
Convenio con el Registro Nacional de Identificación y Estado Civil - RENIEC
Convenio con Terra Networks S.A.
Convenio con Tramas
Convenio con Transparencia
Convenio con la Red Científica Peruana
Convenio con REDINFA
Convenio con la Red para el Desarrollo de las Ciencias Sociales

Plataforma Conjunta de Trabajo en Exhumaciones de fosas comunes
Convenios regionales